Atividades humanas como agropecuária e urbanização levam a alterações na morfologia dos rios, aumentando o fluxo de água e a concentração de nutrientes. Nestas condições a sobrevivência da biota depende do seu potencial de ajuste às alterações. Recentemente foi sugerido que mudanças ambientais resultantes de processos urbanos impõem rápida mudança nas características fenotípicas da biota, porém nem todas as espécies conseguem compensar a velocidade das alterações. Reconhecer quais espécies e como as mesmas respondem e se ajustam aos novos ambientes é fundamental para o manejo dos ecossistemas. Neste contexto, propomos o desenvolvimento de modelos que expliquem a maneira pela qual a plasticidade fenotípica das espécies e os ecossistemas respondem às mudanças. As características limnológicas e a composição da biota são os fundamentos essenciais para o entendimento e a modelagem da manutenção e do funcionamento dos ecossistemas. Docentes do PPGEE já veem em colaboração com as diferentes instituições de referência, em projetos internacionais apoiados por agências de fomento. A pesquisa que vem sendo realizada está focada em diferentes aspectos da Ecologia de Rios e Córregos, com ênfase em Ecologia de Peixes e Macroinvertebrados e seu papel na ciclagem de nutrientes, redes tróficas, estrutura e funcionamento de ecossistemas, bem como aspectos de história de vida e evolução de estratégias biológicas das espécies locais. Já existe uma importante coleção de artigos publicados com os grupos de trabalho aqui envolvidos e a manutenção dessa parceria. As questões relativas ao primeiro conjunto de abordagem seguem a metodologia de ponta que envolve análises estequiométricas, leitura de concentração de nutrientes e estrutura física dos hábitats e têm a colaboração de pesquisadores da University of Victoria – Canadá, Cornell University e University of Nebraska – EUA. Os estudos sobre o segundo conjunto de abordagem são voltados para o entendimento das questões relativas à reprodução, migração, comportamento e adaptação às alterações e variações ambientais e têm a colaboração de pesquisador do Museo de Ciencias Naturales de Madrid – Espanha.