A partir de sólidos alicerces teórico-conceituais, os docentes do PPGEE desenvolvem pesquisas que buscam preencher diferentes lacunas teóricas, permitindo também melhor compreensão e resolução de problemas ambientais, em diferentes áreas da Ecologia e da Evolução. Os modelos e áreas de de estudo das várias linhas de pesquisa contemplam diferentes ambientes aquáticos (rios, lagos oceanos) e terrestres (Mata Atlântica, Amazônia, restingas, manguezais, campos de altitude, Antártica) nos quais os discentes do PPGEE realizam suas Dissertações e Teses